2006年北航附中与人大附中签定合作共建协议，引进人大附中先进的教育理念、丰富的教育教学管理经验和雄厚的师资力量，实施"尊重个性，挖掘潜力，一切为了学生的发展，一切为了祖国的腾飞，一切为了人类的进步"的办学思想，树立 "全面发展+突出特长+创新精神+高尚品德"育人目标。现在，人大附中刘彭芝校长担任北航附中校长顾问，于秀娟任校长，吴鹏程任书记。合作共建以来，在坚持深化教育教学改革、坚持开放办学，优化教育资源配置的基础上，全方位推进素质教育，使北航附中走上了一条建设发展的快车道，更为北航附中的建设与发展翻开了新的一页。

        学校全面实施"科研兴校"战略，坚持全面推进素质教育、创建精品学校的发展战略，多年来向清华、北大、人大、北航大学等名牌高校输送了大批优秀人才，高考升学率稳居北京市和海淀区先进行列。学校被评为北京市教育先进集体、区教育质量优秀学校、区心理健康教育先进学校、区教科研先进学校、市文明礼仪示范学校、区国防教育先进校、首都先进少年军校、区科技示范校、区航空模型项目基地校、区平安校园、市"五·四"红旗团委等。2008年学校因奥运安全保卫工作成绩突出被北京市公安局授予"集体三等功"。
 
         学校充分依托北航大学的优质资源，全面拓展科技教育领域，形成以航空航天科学技术为龙头，以航模和机器人为亮点，全面发展的科技教育特色。2008年创立了北航大学航空航天后备人才培养基地和北航附中科技俱乐部。学校航模队获得世界航天模型锦标赛团体冠军、亚洲航天模型锦标赛S8D团体冠军和个人金牌、公开赛S8D团体亚军和个人银牌，并在全国比赛中获得多枚金牌。近期获中国青少年机器人竞赛FVC一等奖、第27届市青少年科技创新大赛一等奖、第七届市青少年机器人竞赛一等奖。
 
         学校在排球、艺术体操、电子技术、无线电、建筑模型、书法和美术等方面都具有良好的基础。是区体育传统项目(排球)学校，男子排球队曾获得匈牙利世界中学生排球赛冠军，并5次夺得北京市冠军。学校在市中学生电子技术竞赛中获一等奖，在全国地球小博士地理科技大赛中获 一、二、三等奖，获市金鹏科技奖和市银帆奖。